產(chǎn)品介紹

NIST SRM 2374用于外部RNA控制的DNA序列庫（標(biāo)準(zhǔn)品）旨在用作使用體外轉(zhuǎn)錄 (IVT) 進(jìn)行核糖核酸 (RNA) 對照合成的模板。這些 RNA 對照旨在用作外部對照或“加標(biāo)”對照，通過對基因表達(dá)測量的技術(shù)性能進(jìn)行定量評估來支持基因表達(dá)測定的可信度。一個(gè) SRM 單元包含 96 個(gè)不同的 0.5 mL 聚丙烯管，其中通過吸光度 (A260) 測量，每個(gè)脫水質(zhì)粒脫氧核糖核酸 (DNA) 約為 10 μg。

每個(gè)試管都含有質(zhì)粒 DNA，其具有獨(dú)特的模板序列，用于不同的外部 RNA 對照。這些控制是與外部 RNA 控制聯(lián)盟 (ERCC) 合作開發(fā)的。

這些模板可以很容易地用于制作 RNA 控制（參見圖 1）。根據(jù)轉(zhuǎn)錄的鏈，對照將模擬“有義”或“反義”真核信使 RNA (mRNA)。當(dāng)用于制造有義對照 RNA 時(shí)，每個(gè)對照在 3' 端將有一個(gè)標(biāo)稱的 24 個(gè)核苷酸 (nt) 多聚腺苷酸 (polyA) 片段。由它們產(chǎn)生的 DNA 模板和 RNA 轉(zhuǎn)錄本在圖 2 和圖 3 中進(jìn)行了注釋和描述。對照序列范圍從 273 nt 到 2022 nt，GC 分?jǐn)?shù) (1) 有兩種群體分布，一種以 35% GC 為中心，另一種以 47% 為中心。

認(rèn)證特性：

NIST SRM 2374用于外部RNA控制的DNA序列庫（標(biāo)準(zhǔn)品）的認(rèn)證特性是 ERCC 對照插入片段的 DNA 序列。

核苷酸身份使用國際純粹與應(yīng)用化學(xué)聯(lián)合會 (IUPAC) 核苷酸符號進(jìn)行編碼，包括序列中幾個(gè)堿基的歧義代碼。表 2 包括，對于每個(gè)組件，對包含國家生物信息中心 (NCBI) GenBank 數(shù)據(jù)庫中認(rèn)證序列的記錄的引用。經(jīng)認(rèn)證的序列可從 NIST 以 FASTA 格式的數(shù)據(jù)文件 [1] 獲得，與此證書相關(guān)聯(lián)。

由于被測量是標(biāo)稱屬性（核苷酸序列）的值，因此不能使用符合 JCGM GUM [2] 的測量不確定度的常規(guī)評估和表達(dá)。相反，與每個(gè)核苷酸相關(guān)的不確定性以表示對規(guī)定值的信念強(qiáng)度的順序標(biāo)度表示（0 = 最有信心，1 = 非常有信心，2 = 有信心，3 = 模棱兩可）。與序數(shù)尺度水平相關(guān)的序列數(shù)據(jù)的特征在表 1 中進(jìn)行了描述（參見“Certified Properties Confidence Estimates”）。這些置信度估計(jì)值可在隨附的 FASTA 格式文件 [1] 中獲得。

在缺乏完全發(fā)展的身份計(jì)量學(xué)（目前的事態(tài)）的情況下，一種務(wù)實(shí)的前進(jìn)方式是將這些 DNA 序列視為從文庫轉(zhuǎn)錄的 RNA 對照的“身份可比性”的來源。